学校拥有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属第三医院、附属口腔医院、附属平潭协和医院等6所直属附属医院，编制床位数8500多张。拥有协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、妇儿临床医学院等7所临床医学院。在福建省设有非直属附属医院13所，临床教学医院23所，专业实践教学基地96个。附属协和医院、附属第一医院和省立医院是福建省首批建设高水平医院，附属医院10个专科医学中心纳入省高水平临床医学中心建设。附属协和医院、附属第一医院连续7年进入香港艾力彼医院管理研究中心“中国医院竞争力·顶级医院百强榜”。在复旦大学医院管理研究中心发布的排行榜中，附属协和医院、附属第一医院双双进入中国医院百强排行榜；附属医院11个专科进入全国专业声誉排行榜（提名）；44个专科进入华东区医院专科声誉榜（提名）。附属第一医院滨海院区是国家区域医疗中心，附属第二医院是福建省南部区域医疗中心领衔医院。附属口腔医院在口腔疾病诊疗及科研方面全省领先。附属医院及临床医学院中拥有“国家级住院医师规范化培训基地”16所（全省共22所），附属协和医院入选首批国家临床教学培训示范中心。
当前，福建医科大学正在加快推进“双一流”建设，坚定不移加快建设特色鲜明国内一流的医科大学，努力为健康中国、健康福建建设和实现中华民族伟大复兴的中国梦作出新的更大贡献。
